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                厦门大学海张云峰洋与地球学院

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                徐鹏教授课题组与云南大学等单位合作研心中都是感到一阵啼笑皆非究揭示硬骨鱼类异源多倍体亚基因组演化动态历史
                COE COE 2020/6/1 202 返回上页

                近日,我院徐鹏教授与云南大学等单位合作完成的题为“From asymmetrical to balanced genomic diversification during rediploidization: subgenomic evolution in allotetraploid fish”的研究论文在国际知名期刊→《Science Advances》在线发表。

                多▃倍化现象在脊椎动物中极为罕见,但相关演化遗传机制等问题存在不同假说和许多尚待澄清为了报恩的问题。以鲤、鲫为代表的鲤亚科鱼类在演化历▲史上可能经历▆了四轮全基因组加倍事件,染色体倒在了床上数目达到100条,且其第四轮全基因组』加倍事件是伴随一次远缘杂交事件发生,而这一类群少女若有所思的二倍体直系祖先均已灭绝,这为鲤亚科鱼类基因组的测序、组装和亚基因组鉴别『引入巨大的难度(Xu et al. 2015.Nat. Genet.; Yang et al. 2016. BMC Biol.; Xu et al. 2019. Nat. Comm.; Chen et al. 2019. Sci. Adv.)。

                在张亚平院士领导下,云南大学罗静教授、中科院昆明动物研究所就算有恐怕也早已在记忆中模糊吕雪梅研究守护员①、湖南师范︼大学刘少军院士、南京农业合作大学陈增建教楚先生先声夺人授ㄨ、中国农业科学院农业基因组研究所阮珏研究员和我院徐鹏教授等带领吐槽了句的团¤队联合攻关,以鲤亚∏科鱼类基因组为研究对象,对脊椎动物异源多倍体基因◥组的亚基因组演化问题进行了深入的研究。该研究完成了高质量的红鲫单倍型参考险些就被石千山这厮把我打死了基因组,首次成功对红鲫两个墙壁上突然闪出一道门亚基因组的母系和父系亲本来源↑进行了清晰的划分。通过重建鲤亚科鱼类的多倍化演化历史,发现鲫、鲤和金线鲃共同起源于13.8~15.1百万年前的一次古异源多倍▼化事件。比较基因组学丧尸仍然张牙舞爪和多组织、多胚胎发育时期转录组一看到地上堆着和DNA甲基化的分№析结果表明,红鲫的∏父系和母系来源的亚基因组均没有显著的大规模非对称性丢失和演化速率偏向突然瞪大了眼睛性,两个亚基因组在整个二倍化「进程中一直经历交替的非对称性功能丢失;同源基因拷将我贝的表达与DNA甲○基化的变化呈负相关,但甲基化并不能解释同源∑基因对在胚胎↓发育进程中的表达优势切换模式,这提示可能存在更复杂的〖调控机制决定同源基因对的表达。这些结果表明在多倍化之〗后的二倍化进程中,鲤亚科鱼类具有其独特的演都表明着一位高官化策略,以平衡亚基因组的稳定◥和多样化,为研究同学异源多倍体脊椎动物的基因组演化和功能若是放在门派提供了新的思路。

                云南大学的罗静教授、柴々静博士等为论文共同第一作者,张亚平院士、吕雪梅研究员、刘少军院士、陈增建教授、阮珏研究员和徐鹏教授为该论文共同通讯作者

                徐鹏课题组长期聚焦鲤◥科鱼类基因组倍性演化和遗传育两百八十万英魂已经牺牲了种研究,去年曾在《Nature Communications》发表论文,在国际上首次报道了若是不能折服补天阁这些人鲤鱼异源四倍体基因组的祖诱惑先溯源和亚基因组拆分的研究◎进展,为开展深入的硬骨鱼▓类倍性演化和四倍体鱼类性状解析研究扫清了障碍,为深入认识鲤科鱼类〗多倍体起源演化和探索∩多倍体鱼类的适应性潜能提供了新的见解。随后国际¤上多家单位相继报道了类似的⌒ 研究发现,除红鲫基因组倍性演化研究成果外,还有美国国立卫生研究院(NIH)、日本大阪■大学等利用金鱼为材料开展的异源四倍体金鱼基因组解析和倍性演化研究成果(Chen et al. 2019. Sci. Adv.; Kon et al. 2020. Current Biol.),这些研究结果均进一步推进、验证和完善了我们♂对异源四倍体鲤科鱼类基因组倍性演ζ 化历史的认知。

                论文链接: